Collegata alla vicenda storica della pala della Santa Chiara è la pala della Madonna, attualmente esposta nella parete est del transetto meridionale.
L’immagine della Madonna è dipinta su un pannello rettangolare, di forma e dimensioni pressoché identiche alla pala della Santa Chiara – cm 277 x 156 la Madonna, cm 273 x 165,5 la Santa Chiara -.
La Vergine in Maestà è rappresentata secondo l’iconografia bizantina dell’Hodighitria, cioè della Madre di Dio, raffigurata in mezzo busto, che sostiene il Logos benedicente sul braccio sinistro e lo indica con la mano destra, a rappresentare il mistero dell’Incarnazione; alle spalle della Vergine due angeli dalle ali spiegate sollevano una cortina.