La decorazione ad affresco prosegue nella crociera sopra l’altare. Le quattro vele, affrescate nel XIV secolo da un grande pittore giottesco, probabilmente il Maestro espressionista di Santa Chiara, raffigurano un universo “al femminile” del trascendente. Infatti, in ogni vela sono dipinte due sante vergini, ciascuna posta in piedi all’interno di un’edicola marmorea con sotto scritto il nome; negli spazi ai lati delle edicole compaiono angeli festanti che portano corone, palme o altri attributi e che agitano le navicelle per incensare le Sante; nel vertice delle vele è dipinto un angelo che porta una palma o una spada a seconda che presenti martiri o vergini, e una corona per la sola Maria. Nella vela verso l’abside è Maria con Gesù Bambino in braccio – S. MARIA MATER – e Santa Chiara con la palma – S. CLARA VIRGO. Nella vela a meridione è Santa Cecilia con un serto di rose in fronte – S. CECILIA VIRGO ET MARTYR – Santa Lucia benedicente – S. LUCIA VIRGO ET MARTYR. Nella vela verso la navata è Sant’Agnese con un agnello – S. AGNES VIRGO – e Sant’Agnese sorella di Chiara con la palma e il capo cinto da una corona – VIRGO SOROS B[eatae] C[arae]. Nella vela a settentrione è Santa Caterina d’Alessandria con la spada e il libro – S. KATERINA VIRGO ET MARTYR – e Santa Margherita con la palma e il libro – S. MARGARITA V[ir]GO ET M[artyr] con la croce e il libro. Le scene sono bordate sui tre lati da cornici ornate da tralci vegetali e da compassi che contengono busti di santi. Nella volta sopra la tribuna, accanto alla chiave dei costoloni, è un busto del Redentore benedicente. Il motivo dei compassi con busti separati da ornati vegetali continua nei sottarchi delle finestre dell’abside.
L’altare maggiore è collocato al punto d’incrocio del transetto con l’asse della chiesa ma spostato verso la fauce dell’arco della tribuna, in corrispondenza della tomba della Santa. Posa sopra tre gradini digradanti dal piano della tribuna, chiusa tutt’intorno da una duecentesca pergola rettangolare, formata da dodici eleganti colonnine ottagonali, in ovato del Subasio, terminanti con capitelli che sorreggono una trabeazione chiusa, quest’ultima fortemente rinnovata. Tra le colonne corrono grate e cancelli, risalenti al secolo XIII, in ferro battuto con ornati “a cartoccio”. Indubbiamente anche queste hanno subito molteplici modifiche. Dato che la tomba della Santa sotto l’altare fu inaccessibile, fu aperta sul gradino di fronte all’altare una fenestella confessionis, difesa da una grata di ferro. Sarà soltanto nel 1850, infatti, che si porterà alla luce la sua tomba e soltanto a partire dal 1872, al termine dei lavori per lo scavo, la formazione e il rivestimento del nuovo sotterraneo, diventerà accessibile a pellegrini e visitatori.
