Le spoglie di santa Chiara, traslate dalla vicina chiesa di S. Giorgio, furono assicurate sotto l’altare maggiore il 3 ottobre 1260.
Il ritrovamento del sepolcro di san Francesco, avvenuto il 13 dicembre 1818, e la realizzazione della cripta scavata sotto l’altare maggiore della basilica inferiore, non poteva non suscitare nelle clarisse e nella cittadinanza un vivo desiderio che si potesse portare alla luce, per la devozione dei fedeli, anche la tomba di santa Chiara.
Così appena finiti i lavori per la definitiva sistemazione della tomba di San Francesco nel 1850, si iniziarono i lavori nella basilica di Santa Chiara per riportare alla luce il suo corpo. Il 23 settembre del 1850 solennemente viene aperta la tomba della santa che fu trovata sotto l’altare maggiore “alla profondità di sedici palmi dal pavimento”, chiusa da “un masso di travertino irregolare, cinto da grossa fascia di ferro”. Il 22 giugno 1852, festa del “Voto”, il Vescovo diocesano diede inizio ai lavori per la futura cripta che doveva accogliere il corpo di santa Chiara. I lavori si protrassero fino al settembre del 1872. La struttura odierna è frutto di un rifacimento in stile neogotico effettuato nel 1934.
Da dietro ad una grata si possono venerare i resti mortali di S. Chiara, racchiusi in un corpo-reliquario, che giace su una tavola di legno grezzo all’interno di un’urna di cristallo e di pietra del Subasio.
Nel mezzo della cripta originale sorge una costruzione a figura dodecagona regolare, che ha la duplice funzione di mettere in evidenza il cunicolo, entro il quale fu trovato il semplice sarcofago di travertino con le spoglie della Santa, e di servire al culto mediante un altare.
Nella nuova estensione della cripta, verso l’ingresso principale, sono invece esposte alcune reliquie francescane-clariane.